間質性膀胱炎(Interstitial cystitis，IC)目前已知的致病原因，可能是細菌性膀胱炎、原發性神經發炎、自體免疫性、骨盆功能不良、膀胱受傷或膀胱過度擴張，造成膀胱受損。

因膀胱上皮表面受損，導致尿液漏至膀胱間質，引起肥大細胞(Mast cell)活化釋放組織胺(histamine)，產生自體免疫過敏反應，而活化C纖維神經(傳導膀胱疼痛感覺)，引起腫脹

、疼痛，而抑制傷口癒合，如此惡性循環之下，造成慢性神經痛。(如下圖所示)